El Instituto es una iniciativa liderada por Wageningen University, Resilience Alliance, la Universidad de la República, la Intendencia Municipal de Maldonado y el Ministerio de Educación y Cultura. Dichas instituciones conforman el grupo de socios fundadores del Instituto SARAS. La estructura de gobierno y dirección del Instituto SARAS consta de tres órganos: Directorio Ejecutivo, un Consejo Asesor y un Consejo de Administración (este último órgano forma parte de la Fundación SARAS, soporte administrativo del Instituto). Cuenta también con un Equipo Ejecutivo.

El Director del Instituto es designado por períodos renovables de cinco años, quien es responsable de la conducción, orientación, misión y dirección estratégica del Instituto, el diseño de programas académicos y el establecimiento de vínculos con la comunidad científica mundial y sudamericana. El Director es asistido por uno o más Directores de Programa, quienes se encargan de la administración de asociaciones y proyectos en forma continua y ejercen la conducción del Instituto cuando el Director deba ausentarse. El Director también cuenta con un equipo ejecutivo de apoyo, encargado de la administración de los recursos económicos, el funcionamiento del Instituto y su personal.

El Instituto cuenta con un Consejo Asesor, que es presidido por el Director. Los integrantes del Consejo Asesor son designados por los socios fundadores. El Consejo Asesor tiene la función de asesorar y apoyar al Director en materia de proyectos científicos, estrategia, recaudación de fondos y cuestiones operativas, según sea necesario; y estará encargado de elaborar y elevar al Consejo de Administración una lista de candidatos para cubrir vacantes de sus delegados al Consejo de Administración o cuando deba elegirse un nuevo Director. El Consejo Asesor se reúne con una frecuencia anual, pudiendo ser convocado a reuniones adicionales. El Consejo Asesor será electo por períodos renovables de 3 años.

El Consejo de Administración ejerce la gestión formal y legal del Instituto bajo el formato jurídico de una Fundación denominada “Fundación Instituto Regional de Investigación y Educación en Ciencias de la Sustentabilidad y la Resiliencia (SARAS)”. Ésta, está compuesta por siete integrantes designados de la siguiente manera: dos por el Consejo Asesor; dos por la Universidad de la República –uno de los cuales deberá ser a propuesta del Centro Universitario Regional Este (CURE)–; uno por la Intendencia de Maldonado, uno por los Investigadores Asociados a SARAS; y uno por el Ministerio de Ambiente de Uruguay. El funcionamiento y las responsabilidades básicas del Consejo de Administración se rigen de acuerdo con la legislación uruguaya.